Миссия Центра – стремление к закреплению Республики Башкортостан как ключевого центра академического, научно-технологического и предпринимательского превосходства Российской Федерации на евразийском пространстве, основанного на обеспечении технологического лидерства и суверенитета страны, концентрации усилий участников центра в разработке «запирающих», встроенных в мировые исследовательские и производственные цепочки и конкурентоспособных на мировых рынках технологий и продуктов, разработке и реализации образовательных программ, в том числе, на сетевой основе, привлекательных на международном рынке образовательных услуг и обеспечивающих рост несырьевого экспорта, социализации общественного городского пространства и формировании комфортной среды для жизни, обучения, исследований и бизнеса, включая единый кампус университетов, технологическую долину и инфраструктуру для бизнеса.